Wreszcie w sezonie 1992/93 prowadzone przez Ricardo La Volpe Atlante dotarło do finału mistrzostw Meksyku, gdzie przyszło zmierzyć się z CF Monterrey. Po nikłym zwycięstwie 1:0 u siebie decydujący mecz miał miejsce na stadionie w Monterrey – Estadio Tecnológico. Atlante zagrał znakomicie i rozgromił drużynę gospodarzy 3:0 sięgając po swój drugi w historii tytuł mistrza Meksyku.
W następny sezonie, pomimo takich nabytków jak Hugo Sánchez, Jorge Campos czy wenezuelski piłkarz Gabriel Miranda, Atlante zostało wyeliminowane z play–offów. Klubowi po raz kolejny zagroził spadek. Firma Grupo Televisa, która przejęła klub Atlante podjęła decyzję przeniesienia klubu na stadion Azteca. Nowy właściciel umożliwił wzmocnienie klubu przez takich graczy, jak Zague, Martín Félix Ubaldi, Tiba, Miodrag Belodedici i Luis García. Ponadto opiekę nad zespołem przejął Miguel Mejía Barón, który prowadził reprezentację Meksyku podczas finałów mistrzostw świata 1994).