Od 1955 jest członkiem Stowarzyszenia Historyków Sztuki, od 1976 roku Toruńskiego Towarzystwa Naukowego, od 1978 roku Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, od 1986 roku Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego, a od 1995 roku Warburg Gesellschaft zur Erforschung von Burgen und Schlossern. W latach 1978–1990 był członkiem Komitetu Nauk o Sztuce Polskiej Akademii Nauk.
Dorobek naukowy Przedmiotem zainteresowań badawczych prof. M. Kutzera jest sztuka wieków średnich, a w szczególności architektura gotycka. Jego dorobek naukowy liczy 81 rozpraw naukowych, z tego pięć wydanych zostało w formie książkowej, a szereg artykułów ukazało się w wydawnictwach obcojęzycznych. Do najważniejszych publikacji należy zaliczyćDane uzyskane w Bibliotece Narodowej w Warszawie, stan na 16.02.2012 roku.: Cysterska architektura na Śląsku w latach 1200-1330, wyd. UMK, Toruń 1969. Katalog zabytków sztuki w Polsce. Seria nowa, WAiF, Warszawa 1980. Powiat chodzieski, IS PAN/WAiF, Warszawa 1965, współautor: Urszula Czartoryska. Racibórz, wyd.