W na kiosk przeniesiono jednak stery zanurzenia, a zwiększenie manewrowości podwodnej osiągnięto dzięki zastosowaniu sterów rufowych w konfiguracji "X". U-31 był pierwsza jednostką w której zastosowano skierowaną do produkcji seryjnej technologię, jako dodatkowe źródło energii, ogniwa paliwowych. Po raz pierwszy też zastosowano w niej silniki elektryczny z magnesami trwałymi (permanent-magnet motor - PMM), do pływania z niewielką prędkością, który napędza blisko-bezszumową śrubę. U-31 zdolny jest do pływania w zanurzeniu z niewielką prędkością blisko 3 tygodnie, używając swoich ogniw paliwowych jako źródła energii. Zbudowany został z zastosowaniem częściowo dwukadłubowej struktury kadłuba o dużej średnicy w części dziobowej. Część ta jest połączona z częścią rufową za pomocą stożkowej sekcji, mieszczącej siłownię baterii paliwowych. Ciekły tlen oraz wodór przechowywane są w metalowych cylindrach umieszczonych dookoła obwodu tej niewielkiej sekcji kadłuba. Prędkość maksymalna okrętu z wykorzystaniem układu AIP bez użycia głównych baterii elektrycznych okrętu wynosi 8 węzłów.