W końcu Józef na stałe osiedlił się w Krakowie, gdzie prowadził wytwórnię drobnych przedmiotów inkrustowanych w drewnie.
We wrześniu 1939 zgłosił się na ochotnika do Wojska Polskiego, gdzie nabawił się zapalenia płuc. Leczony mało skutecznie w szpitalu w Zamościu, powrócił do Krakowa, jednak nie odzyskał już zdrowia. W zimie 1941 został eksmitowany z mieszkania na Moniuszki do ciężkich warunków mieszkaniowych na ulicę Kupa, gdzie nie doczekawszy się zakończenia okupacji, zmarł w lutym 1944. Pochowany został na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Po wyzwoleniu willa Chimera w Zakopanem została objęta przepisami kwaterunkowymi, a jej spadkobierczyni Julia Paszkowska nie mogła z niej korzystać. Mając nadzieję, że w pracowni Józefa Paszkowskiego powstanie izba pamięci o artyście, przekazała prawnie „Chimerę” i pamiątki po rzeźbiarzu, na własność Uniwersytetowi Jagiellońskiemu w Krakowie.
Ostatecznie w styczniu 1997 Uniwersytet sprzedał mieszkania w „Chimerze” ich długoletnim użytkownikom, a wcześniej bo z początkiem lat 90, w hołdzie dla artysty ufundował tablicę pamiątkową umieszczając ją na ścianie frontowej budynku.
Twórczość thumb|Józef Paszkowski w swojej pracowni Józef Paszkowski uprawiał rzeźbę głównie w drzewie. Najchętniej wykonywał rzeźbę portretową.