Pobierał także naukę chirurgii w Guy's Hospital u Johna Abernethy. Podczas pobytu w Londynie zainteresował się geologią, poznając Charlesa Lyella.
Początek kariery Po powrocie do Nowej Szkocji, rozpoczął praktykę lekarską w Parrsboro. Oprócz tego dużo czasu poświęcał nowej pasji – geologii. W 1836 opublikował pracę naukową poświęconą mineralogii Nowej Szkocji, która zawierała dokładną mapę geologiczną przedstawiającą kluczowe złoża rud żelaza oraz węgla na tym obszarze. W 1838 został mianowany na stanowisko Prowincjonalnego Geologa Nowego Brunszwiku, z zadaniem przeprowadzenia podobnych badań geologicznych tego terenu. W 1839 Gesner odkrył substancję asfaltu bitumicznego, którą nazwał albertite – od Hrabstwa Albert w Nowym Brunszwiku, gdzie została znaleziona.
W 1842, z zamiarem szukania pokładów węgla, Gesner udał się do Quebecu, gdzie jako pierwszy odkrył wielką ilość skamieniałości (na terenie obecnego Parku Narodowego Miguasha).