Po dotarciu do Warszawy zawiązał konspiracyjny 7 pułk ułanów Lubelskich (ps. Mazury–Jeleń) i dowodził nim od sierpnia 1940 do lipca 1944 roku. W 1942 roku został awansowany do stopnia podpułkownika. Cieszył się dużym poważaniem wśród podwładnych. Ponadto jako przyjaciel gen. Tadeusza Bór-Komorowskiego był szefem działu kawalerii w Wydziale Broni Szybkich Oddziału III Komendy Głównej AK. Zapewne w 1944 awansowany do stopnia pułkownika.
W lipcu 1944 roku gen. Bór-Komorowski rozkazał mu wyjechać na Zachód, co uczynił 17 lipca, wyruszając z żoną i córką do Wiednia. Po otrzymaniu wiadomości o wybuchu powstania w Warszawie wrócił przez zieloną granicę do Polski. Jego pułk został jednak zdziesiątkowany w nieudanym ataku na siedzibę Gestapo przy al. Szucha.
Jedigar wydał 12 stycznia 1945 roku rozkaz rozwiązania jednostki i tuż po rozpoczęciu ofensywy sowieckiej znad Wisły opuścił Polskę ostatnim niemieckim pociągiem ewakuacyjnym.