Latem 2013 Alatorre został wypożyczony do innego drugoligowca – klubu Universidad de Guadalajara, z którym jako kluczowy zawodnik już w pierwszym, jesiennym sezonie Apertura 2013 triumfował w rozgrywkach Ascenso MX. Na koniec rozgrywek 2013/2014 zaowocowało to awansem do najwyższej klasy rozgrywkowej – on sam został jednym z bohaterów barażowego spotkania o promocję z Tecos (1:1, 4:3 k), zdobywając gola dla swojej drużyny. Bezpośrednio po tym został wykupiony przez władze klubu na stałe. Po awansie wciąż był podstawowym defensorem Universidadu, premierowego gola w pierwszej lidze zdobywając 22 listopada 2014 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Cruz Azul. Mimo ambitnej postawy, na koniec rozgrywek 2014/2015, po zaledwie roku spędzonym na najwyższym szczeblu, spadł jednak z Universidadem z powrotem do drugiej ligi.
W lipcu 2015, bezpośrednio po relegacji Alatorre – wraz ze swoim kolegą klubowym Fidelem Martínezem – przeszedł do drużyny Pumas UNAM ze stołecznego miasta Meksyk. Tam już w premierowym sezonie Apertura 2015 zanotował wicemistrzostwo Meksyku, będąc podstawowym bocznym obrońcą ekipy.