Pod koniec 1573 za namową spowiednika oddaje większość swojego majątku – 20000 peso – klaryskom i ofiarowuje się jako tercjarz na służbę w ich klasztorze w Meksyku. Na wszelki wypadek, gdyby nie wytrwał, kazał spowiednikowi przechować 1000 peso. Po rocznej pracy jako posłaniec i zakrystian zdecydował się na wstąpienie do Zakonu Braci Mniejszych Obserwantów. Wstąpił do nowicjatu 9 czerwca 1574. W nowicjacie miał wizje św. Franciszka i Jakuba Apostoła, którzy utwierdzali go w powołaniu. Został dopuszczony do pierwszej profesji, którą złożył 13 czerwca 1575.
Pierwszym klasztorem, do którego został skierowany przez przełożonych był konwent w Santiago de Tecali. Służył jako furtian, kucharz, ogrodnik i kwestarz. Po krótkim czasie został przeniesiony do wspólnoty w Puebla de los Angeles, gdzie pozostał do końca życia, służąc jako kwestarz. Niechętnie sypiał w celi. Wolał spać pod wozem na dziedzińcu klasztornym. Istnieją świadectwa dokumentujące bogate życie duchowe br. Sebastiana. Miał widzenia Matki Bożej, św. Franciszka i aniołów.
Zmarł 25 lutego 1600 w Puebli. Zachowane ciało przechowywane jest w przeszklonym ołtarzu w kościele franciszkanów w Puebli.