Z czasem przejęły funkcję górskich przewodników wyszukujących i ratujących pielgrzymów zaginionych w górach, we mgle lub śnieżycy.
Sylwetki bernardynów przedstawiano na obrazach począwszy od roku 1695, a z roku 1707 pochodzą zapiski klasztorne na ich temat. Legendy głoszą, że bernardyny ratowały zasypanych lawiną turystów, ale nie zostało to potwierdzone. W późniejszym okresie bernardynom groziło wyginięcie. Dopiero po 1865 roku rozpoczęła się hodowla zmierzająca do zachowania rasy. W 1867 prowadzenie dokumentacji hodowlanej rozpoczął Heinrich Schumacher z Hollingen w pobliżu Berna. Wojny XX wieku znacznie przetrzebiły populację tej rasy.
Pierwotnie bernardyn miał krótką sierść, jednak około 1830 roku dzięki krzyżowaniu z nowofundlandem powstała odmiana długowłosa, która rozpowszechniła się po całym świecie. Bernardyny wykorzystano jako rasę wyjściową w tworzeniu innych ras, m.in. moskiewski stróżujący.
Klasyfikacja Pierwszy wzorzec rasy przyjęto 2 czerwca 1887 roku.
W klasyfikacji FCI bernardyn został zaliczony do grupy II – Pinczery, sznaucery, molosy i szwajcarskie psy do bydła, sekcja 2.2 – Molosy typu górskiego.