294: Bekkos oświadczył później, że skłonił się przed burzą, ponieważ nie mógł liczyć na wysłuchanie obrony swojego stanowiska, jednak z intencją, jak to wyznał Metochicie, „aby skoro tylko burza trochę ucichnie, bronić prawdy otwarcie przed osobami odpowiedzialnymi i podżegaczami”. Następne lata Bekkos spędził w klasztorze w Prusie w Azji Mniejszej. Stamtąd rozpoczął kampanię, w której domagał się oczyszczenia go z zarzutów. Doprowadził do zwołania synodu, który miał zbadać jego sprawę. Obrady synodu trwały od lutego do sierpnia 1285 r. i miały miejsce w cesarskim pałacu na Blanchernach w Konstantynopolu. Doprowadziły do ponownego potępienia Bekkosa w szeregu pism skierowanych przeciw niemu (Tomus z 1285), sformułowanych jednak w tak kompromitujący sposób, że ich autor, późniejszy patriarcha Grzegorz zmuszony był w 1289 r. ustąpić ze stolicy patriarszej. Bekkos uznał ten fakt za potwierdzenie swego stanowiska. Ostatnie lata życia spędził jako więzień w twierdzy świętego Grzegorza w pobliżu NikomediiMiejsce uwięzienia Bekkosa podaje Pachymeres w De Andronico Paleologo, I.35. Opracowywał w więzieniu swoje pisma, utrzymując dobre stosunki z cesarzem i dostojnikami kościelnymi, do końca jednak nie zrezygnował ze swoich poglądów w kwestii unii Kościołów. Zmarł w 1297 r.Na temat 1297 r. jako daty śmierci Bekkosa zobacz V.