W sezonie Apertura 2014 Juninho zdobył z Tigres tytuł wicemistrza Meksyku, lecz w grudniu tego samego roku zerwał ścięgno Achillesa, w wyniku czego musiał pauzować przez kolejne siedem miesięcy. W 2015 roku nie wystąpił z tego powodu w większości spotkań swojej drużyny w najbardziej prestiżowych rozgrywkach południowoamerykańskiego kontynentu – Copa Libertadores, gdzie jego zespół dotarł aż do finału. Bezpośrednio po rekonwalescencji powrócił jednak do wyjściowego składu i podczas rozgrywek Apertura 2015 wywalczył z Tigres swoje drugie mistrzostwo Meksyku. W 2016 roku doszedł do finału północnoamerykańskich rozgrywek Ligi Mistrzów CONCACAF, a jeszcze w tym samym roku dołożył do swojej gabloty kolejne trofeum – superpuchar Campeón de Campeones. W sezonie Apertura 2016 – niezmiennie jako lider i opoka formacji defensywnej – zdobył z drużyną Ferrettiego trzecie mistrzostwo Meksyku.
Statystyki kariery KlubSezonKrajRozgrywkiLigaPuchar krajuMiędzynarodoweOgółem Mecze Gole Mecze GoleRozgrywki Mecze Gole Mecze GoleCoritiba 2002 Série A 3 0 ? ? – ? ? 2003 4 0 ? ? – ? ? 2004 7 0 ? ? CS 1 0 ? ?Botafogo 2005 7 0 ? ? – ? ? 2006 26 4 ? ? CS 2 0 ? ?