Podczas przygotowywania drogi przebiegu dla interRegio 13126 Jan Matejko na posterunku odgałęźnym w Starzynach o godzinie 20:35, dyżurnemu ruchu Andrzejowi N. nie udało się uzyskać pożądanego położenia rozjazdów nr 3 i 4 w położeniu „minus” – które skierowałyby pociąg na tor nr 2 w kierunku Sprowy – z powodu mechanicznej awarii rozjazdu nr 4, o czym poinformował maszynistę interRegio. Po rzekomym sprawdzeniu obu, dyżurny wyświetlił na semaforze sygnał zastępczy, zezwalający Matejce na wyjazd w kierunku Kozłowa. Na rozjeździe nr 4 interRegio pojechał jednak na tor nr 1, co nastąpiło o 20:48.
W tym samym momencie do posterunku odgałęźnego Sprowa zbliżał się od strony Kozłowa pociąg TLK 31101 Brzechwa – z powodu modernizacji sieci trakcyjnej, na tym odcinku ruch prowadzony był dwukierunkowo po torze nr 2. Dyżurna ruchu Jolanta S. przygotowała dla Brzechwy drogę przebiegu pozwalającą na przejazd na tor nr 1 w kierunku Starzyn i wyświetliła na semaforze sygnał zezwalający na jazdę. Jednakże w momencie wjazdu Matejki na tor nr 1 o 20:48, na semaforze pojawił się jednak sygnał S1 Stój ze względu na zajęcie toru przez ten pociąg.