Zainspirował również reformę sądownictwa rosyjskiego, w ramach której na przestrzeni lat 1885-1889 stworzono możliwość usuwania i przenoszenia sędziów, ograniczono liczbę rozpraw jawnych i przestępstw sądzonych z udziałem ławy przysięgłych. Jak pisze Heller:

Inicjatywy Pobiedonoscewa w zakresie reform sądownictwa za każdym razem zyskiwały poparcie cara, chociaż wiele z nich spotykało się z oporem nawet wśród członków Rady Państwa. Pobiedonoscew konsekwentnie sprzeciwiał się wprowadzeniu w Rosji konstytucji i jakichkolwiek form demokratycznego rządzenia, przekonując, że ich pojawienie się na gruncie rosyjskim skończyłoby się rewolucją. Zdaniem Billingtona projekty polityczne Pobiedonoscewa wykraczały poza zwykłe plany kontrreform, gdyż jego ostatecznym celem była odnowa społeczeństwa rosyjskiego w duchu chrześcijańskim.

Pobiedonoscew w znaczący sposób wpływał również na politykę następcy Aleksandra III, jego syna Mikołaja II. Zasugerował m.in.