W 1949 roku wznowiono pracę szpitala pod nazwą Miejski Szpital Położniczy nr 2. W 1955 roku uzyskał on status szpitala klinicznego. W 1960 roku odbyła się uroczystość położenia kamienia węgielnego pod budowę nowego budynku szpitalnego, który oddano do użytku w 1964 r. Był to drugi szpital w Polsce (po Gdańsku) i pierwszy w Warszawie, który wprowadził system rooming-in. Był to też pierwszy szpital w Polsce, w którym zastosowano podczas porodu próżnociąg położniczy. Zaczęto tu także wykorzystywać w położnictwie i ginekologii aparat ultrasonograficzny - metodę tę stosowało jedynie kilka placówek na świecie. W 1965 roku prof. Ireneusz Roszkowski testował tu pierwszy polski ultrasonograf UG-1. Utworzono tu pierwszą w stolicy pracownię patomorfologii ginekologicznej, cytogenezy oraz pierwszy w Polsce oddział Patologii Ciąży. Odbyła się tu pierwsza w Polsce operacja ginekologiczna z wykorzystaniem lasera oraz pierwsze badania polikardiografem (czynność serca płodu).