W tym samym roku stanął on na czele Najwyższej Rady Muzułmańskiej, która kontrolowała fundusze wakf warte dziesiątki tysięcy funtów i sprawowała nadzór nad działalnością islamskich sądów w Palestynie. Najwyższa Rada Muzułmańska uważała się za strażnika jednego z trzech świętych miejsc islamu i rozpoczęła międzynarodową kampanię zbierania funduszy na renowację Wzgórza Świątynnego, a szczególnie meczetu Al-Aksa i Kopuły na Skale. Cały obszar znajdował się w ruinie i wymagał gruntownych prac renowacyjnych. Al-Husajni zlecił wykonanie prac tureckiemu architektowi Mimarowi Kemalettinowi. Amin był zdecydowany przekształcić meczet Al-Aksa w symbol panarabskiego i palestyńskiego nacjonalizmu w walce z napływem żydowskich imigrantów do Palestyny. Prowadząc swoją kampanię często oskarżał Żydów o planowanie przejęcia kontroli nad Murem Zachodnim, który był niezbywalną własnością i częścią meczetu al-Aksa. Wzajemne oskarżenia przyczyniały się tylko do wzrostu napięć pomiędzy obydwiema społecznościami w mieście. Przy czym należy podkreślić, że obie społeczności – arabska i żydowska – patrzyły na wszystkie problemy tylko z punktu widzenia własnej tradycji i własnych interesów.