W wyniku wojny sześciodniowej w 1967 r. całość Jerozolimy i Zachodniego Brzegu znalazła się pod okupacją Izraela. Wraz z rozpoczęciem palestyńsko-izraelskiego procesu pokojowego i podpisaniem w 1993 r. Porozumienia z Oslo, pojawiła się potrzeba zwiększenia muzułmańskiej kontroli nad miejscami świętymi islamu w Jerozolimie. Z tego powodu w 1993 przewodniczący Organizacji Wyzwolenia Palestyny Jasir Arafat powołał na wielkiego muftiego Jerozolimy Sulaimana Ja’abari. Był on od 1949 zastępcą wielkiego muftiego, i po śmierci Jarallaha od 1954 pełnił obowiązki muzułmańskiego sędziego kadi w Jordanii. Gdy w 1994 formalnie powstała Autonomia Palestyńska, powrócił on do Jerozolimy, jednak w tym samym roku zmarł. Jaser Arafat powołał w październiku 1994 na nowego wielkiego muftiego Ekrima Sa'id Sabri. Miał on radykalne nacjonalistyczne poglądy i jego liczne wypowiedzi wywoływały kontrowersje. Palestyński prezydent Mahmud Abbas obawiając się jego mocniejszego zaangażowania w politykę, usunął go w 2006 ze stanowiska. Abbas powołał na wielkiego muftiego Muhammada Ahmad Hussajni.