Zmienił też oficjalną datę urodzin z 14 października 1871 na 4 października 1872.
W roku 1900 przy okazji prawykonania kantaty Frühlingsbegräbnis (Pogrzeb wiosenny) poznał Almę Schindler i zakochał się bez wzajemności. Alma lekceważyła go ze względu na niski wzrost, chociaż doceniała go jako kompozytora. W roku 1902 wyszła za mąż za starszego od niej o 19 lat Gustava Mahlera. mały|upright|Portret Aleksandra Zemlinskiego, Richard Gerstl, lipiec 1908. Zemlinsky poślubił 21 czerwca 1907 Idę Guttman, która 8 maja 1908 urodziła ich córkę Johannę Marię.
Ze względu na kłopoty materialne przyjął stanowisko głównego dyrygenta w Carltheater, co zapewniało mu stały dochód, ale nie pozostawiało wiele czasu na komponowanie.
W roku 1903 przeniósł się z Carltheater do Theater an der Wien, a w roku 1904 do Volkstheater. W roku 1907 z poparciem Mahlera przeniósł się do Hofoper.
W roku 1911 został dyrektorem muzycznym niemieckiej sceny operowej w Pradze.
Po powstaniu Czechosłowacji pozostał Zemlinsky w Pradze. W roku 1920 został rektorem Niemieckiej Akademii Muzyki i Sztuk Przedstawiających w Pradze. Dzięki temu mógł poświęcić więcej czasu na kompozycję.