Fałszywe wyniki Spadające koszty sekwencjonowania DNA umożliwiły badanie mikrobiomów bez namnażania w kulturach hodowlanych (zob. Kultura tkankowa, kultura komórkowa). Jednakże odczynniki i zestawy używane do wykrywania DNA zawierają DNA jako zanieczyszczenia. Zanieczyszczenia te dominują w wynikach badań próbek o niskiej biomasie mikrobów. Zanieczyszczenia różnią się między różnymi laboratoriami przeprowadzającymi sekwencjonowanie. W wielu publikacjach o mikrobiomach, opartych na sekwencjonowaniu DNA, brak ocen zawartości DNA w próbkach i procedur identyfikujących zanieczyszczenia, w tym sekwencjonowania prób kontrolnych.
Mikrobiom człowieka thumb|Escherichia coli i Bacillus cereus – dwa gatunki mogące wchodzić w skład ludzkiego mikrobiomu, pierwszy zwykle nieszkodliwy, drugi często wywołujący zatrucia pokarmowe Jednym ze środowisk zasiedlanych przez mikroorganizmy jest ciało człowieka oraz światło jego przewodu pokarmowego czy dróg oddechowych. Specyficzne mikrobiomy można wyróżnić m.in. dla jamy ustnej, jamy nosowej, uszu, pochwy, jelit, płuc, włosów i skóry.