Krokiem milowym w rozwoju oprogramowania była wersja AnyLogic 5 opublikowana w 2003 roku. Autorzy skoncentrowali się wówczas na wykorzystaniu symulacji w biznesie w następujących obszarach: Symulacje rynkoweMaxim Garifullin, Andrei Borshchev, Timofei Popkov. "Using AnyLogic and Agent Based Approach to Model Consumer Market", EUROSIM 2007, September 2007., Opieka zdrowotnaKirk Solo, Mark Paich A Modern Simulation Approach for Pharmaceutical Portfolio Management, SimNexus LLC, ProdukcjaYuri G. Karpov, Rostislav I. Ivanovski, Nikolai I. Voropai, Dmitri B. Popov. Hierarchical Modeling of Electric Power System Expansion by AnyLogic Simulation Software, 2005 IEEE St. Petersburg PowerTech, June 27–30, 2005, St. Petersburg, Russia, Łańcuch dostawMichael Gyimesi, Johannes Kropf. "C14 Supply Chain Management – AnyLogic 4.0", Simulation News Europe, December 2002.Ivanov D.A., Sokolov B., Kaeschel J. "A multi-structural framework for adaptive supply chain planning and operations control with structure dynamics considerations", European Journal of Operational Research, 2009.Ivanov D.A. "Supply chain multi-structural (re)-design.", International Journal of Integrated Supply Management, No. 5(1), 19-37., 2009., LogistykaIlmarts Dukulis, Gints Birzietis, Daina Kanaska.