Około 1807 wyjechał do Galicji z namowy Józefa Wincentego Wodzickiego i został guwernerem jego synów w majątku w Kościelnikach.
Po kilkunastu latach służby u Wodzickich osiedlił się w Krakowie, gdzie udzielał lekcji muzycznych (przede wszystkim w zakresie gry na fortepianie), a także organizował i prowadził zespoły muzyczne i chóry, w tym chór przy kościele Mariackim. 22 listopada 1826 poślubił protestantkę Joannę Karolinę Rossberg (1802–1845), córkę niemieckiego obywatela miasta i kupca rymarskiego Jana Piotra Rossberga (zm. 1860) i niemieckiej krakowianki Anny Marianny Tusz (Duss). Małżonkowie zamieszkali w Krakowie przy ulicy Floriańskiej.
Matejko i Rossberg mieli jedenaścioro dzieci: Franciszek Ksawery Edward Matejko (1828–1873), prawnika Edmund Marcin (Zygmunt) Matejko (1829–1907), Adolf Alojzy Matejko (1830–?). Kazimierz Matejko (1830–?), Zygmunt Matejko (1831–1849), Emilia Łucja Matejko (1832–?), Alojzy Franciszek Matejko (1833–?), Józef Eustachy Matejko (1834–?), Karol Matejko (1835–?), Maria Waleria Matejko (1836–1894), Jan Alojzy Matejko (1838–1893) malarza. Po śmierci małżonki Matejko powierzył opiekę nad dziećmi ich ciotce Katarzynie z Rossbergów Zamojskiej. Sam był stale pochłonięty pracą, gdyż starał się zarobić na odpowiednią edukację swoich dzieci (nauka wtedy była płatna).