Po odmowie wprowadzenia proponowanej reformy Konserwatorium Paryskiego założył w 1894 roku wraz z Charlesem Bordes i Alexandrem Guilmantem Schola Cantorum, a w roku 1900 został jej dyrektorem. Napisał czterotomowy Cours de composition musicale, w którym wzorem Francka zalecał oparcie nauki o dzieła Jana Sebastiana Bacha i Ludwiga van Beethovena oraz dawnych mistrzów, jak Giovanniego Palestriny, Claudio Monteverdiego, Jean-Philippe Rameau i chorale gregoriańskim.
Po prawykonaniach oper Fervaal (1897) i L'étranger (1903) oraz wariacji Istar (1896) i Drugiej Symfonii (1903) stał się twórcą znanym wśród francuskich melomanów. Stał się zaciekłym przeciwnikiem Debussy’ego i impresjonistów. W związku z Sprawą Dreyfusa zaangażował się w działanie Ligi Ojczyzny Francuskiej. Wypowiadał się w duchu szowinizmu, militaryzmu i antysemityzmu, czemu dał wyraz w La légende de Saint Christophe (Legendzie o św. Krzysztofie, 1908–1915) oraz Trzeciej Symfonii De bello gallico (1916–1918).