W wyniku epigenetycznych modyfikacji chromatyny przechodzi ona w postać heterochromatyny, a w obrazie mikroskopowym w interfazie widoczna jest ona jako ciałko Barra. Inaktywacja przenoszona jest na każdą komórkę osobno, wyłączany jest chromosom X pochodzący albo od ojca, albo od matki, co fenotypowo może manifestować się np. charakterystycznym mozaikowym umaszczeniem kotów. Geny na inaktywowanym chromosomie X nie są jednak zupełnie nieaktywne, nawet do 25% genów znajdujących się na nim może ulegać od czasu do czasu ekspresji.
Wyłączenie alleliczne