Punktem zapalnym między Sudanem a Sudanem Południowym były spory rejon Abyei. Były to jedyne tereny bogate w ropę naftową na terenie Sudanu. Tereny te zamieszkiwały plemiona Dinka stanowiących większość na Południu Sudanu. Ich sąsiadami z północy byli arabscy pasterze Misseriya, którzy chcieli wypasać swoje bydło na dobrych pastwiskach w Abyei. Przez to dochodziło niejednokrotnie do konfliktów etnicznych. 27 lutego 2011 w Abyei doszło do szturmu koczowników Misserija na posterunek policyjny. Zginęło wówczas 10 osób. Jednocześnie w Jonglei doszło do bitwy rebeliantów Athora z armią Sudanu Południowego. Zginęło 110 osób, w większości wojskowi i rebelianci, w tym 12 cywilów. 2 marca 2011 milicje plemienne po raz kolejny zaatakowały Abyei – zginęło 30 osób, setki mieszkań zostało spalonych. W wyniku rajdów, 25 tys. cywilów ciekło na południe Sudanu. W prowincji Jonglei doszło do walk plemion Ayual i Dinka, w wyniku czego zginęły 22 osoby. ONZ wysłało do tej prowincji 100 żołnierzy rozjemczych. Abyei został zaanektowany przez wojsko Sudanu 21 maja 2011.