Ponadto w wyniku jego reform z lat 1905–1906 poprawiła się sytuacja wszystkich działających w Rosji związków wyznaniowych, poza Rosyjskim Kościołem Prawosławnym, który nadal pozostawał pod całkowitą kontrolą państwa, nie uzyskawszy zgody na zwołanie Soboru Lokalnego i wybór patriarchyŚwiątobliwy Synod Rządzący był organem zarządzającym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego od reformy kościelnej Piotra I z 1721.. Reformy Mikołaja II, wprowadzone w życie po rewolucji 1905, doprowadziły do dyskredytacji prawosławia i samowładztwa, rozwoju zapożyczonych z zachodu idei mistycyzmu, okultyzmu, liberalizmu, antyklerykalizmu, antymonarchizmu i ateizmu, przyczyniły się do upadku moralności. Mikołaj II i jego rodzina nie zerwali kontaktów z Rasputinem do samej jego śmierci, chociaż wywoływały one w społeczeństwie rosnące zgorszenie, a szereg osób z otoczenia cara (w tym duchownych, m.in. kanonizowani w 1992 metropolita Włodzimierz (Bogojawleński) i mniszka Elżbieta, siostra carycy), polityków, członków rodu Romanowów wskazywał władcy na ten fakt i apelował o usunięcie Rasputina z dworu. Religijność rodziny carskiej, mimo zachowania form typowych dla prawosławia, miała charakter „międzywyznaniowego mistycyzmu”.