W czasie nazistowskiego ludobójstwa Żydów i niszczenia pozostałości ich kultury, ŻKA nagłaśniał informacje o ich prześladowaniach i oporze w gettach. Publikował również książki, eseje i zbiory dokumentów. W 1947 Komitet opublikował „Czarną Księgę”, dokument przedstawiający zbrodnie Holocaustu w Europie Środkowo-Wschodniej. W 1948 Komitet służył ZSRR do wyrażania poparcia dla utworzenia państwa izraelskiego po zakończeniu Brytyjskiego Mandatu Palestyny.

Zwycięstwo aliantów nad III Rzeszą sprawiło, że komitet stał się niepotrzebny. Ponadto, wbrew kalkulacjom na Kremlu, Izrael nie stał się kolejnym państwem realizującym politykę ZSRR. Oba fakty spowodowały odwrót w polityce radzieckiej wobec Komitetu, a szerzej wobec Żydów mieszkających w ZSRR. W listopadzie 1948 Biuro Polityczne KC KPZR rozwiązało Komitet, a władza rozpoczęła kampanię przeciw syjonistom oraz „kosmopolitom”, w rzeczywistości o charakterze antysemickim.