Wiosną 2007 Flores na zasadzie wypożyczenia zasilił drużynę CD O’Higgins, w której spędził pół roku, po czym odszedł do Cobreloa. Tam także grał przez sześć miesięcy, będąc czołowym strzelcem zespołu, natomiast podczas sezonu 2008 reprezentował barwy Uniónu Española. W Uniónie szybko został dyscyplinarnie odsunięty od składu i w pierwszej jedenastce występował sporadycznie, a w styczniu 2009 wyjechał do Meksyku, podpisując umowę z tamtejszym drugoligowcem Petroleros de Salamanca. Udane występy zaowocowały transferem do grającego na tym samym poziomie rozgrywek CF La Piedad, gdzie jednak przez kontuzje rzadko wybiegał na plac gry, podobnie jak w drugoligowym Deportes Antofagasta, do którego był wypożyczony wiosną 2010. Latem tego samego roku powrócił do drugiej ligi meksykańskiej, zostając graczem Dorados de Sinaloa.
Po udanym roku spędzonym w Dorados Flores przeszedł do klubu Santiago Morning z siedzibą w swoim rodzinnym mieście, Santiago. Po pół roku po raz drugi w karierze podpisał umowę z Cobreloą.