Szata roślinna Szczyt pokryty jest jedyną w Białych Karpatach murawą bliźniczkową z dominacją bliźniczki psiej trawki. Przed nawożeniem nawozami mineralnymi na początku lat 90. XX wieku występowała tu licznie kukułka bzowa oraz goryczuszka wczesna. Obecnie łąka wraca do stanu naturalnego, o czym świadczy znajdowanie storczycy kulistej oraz wierzbownicy okółkowej. Na skraju rezerwatu rośnie dzwonek szerokolistny, który ma tu jedyne w Białych Karpatach stanowisko.
Lasy masywu składają się głównie z rodzimych gatunków: jaworu (od którego góra wzięła swą nazwę), buka i jesionu. Drzewa są w podobnym wieku. Ze względu na surowy mikroklimat wierzchołka góry w najwyższych częściach występują drzewa o oryginalnym, pokręconym kształcie korony. Z rzadkich roślin stwierdzono tu m.in. alpejskiego modrzyka górskiego (Cicerbita alpina, jedyne stanowisko w Białych Karpatach). Rosną tu także m.in. przebiśniegi, miesiącznica trwała i kokorycze.