Ekologia Biotop Latem zamieszkuje kryjówki bezwietrzne, słabo oświetlone i bardzo ciepłe (o temperaturze nierzadko okresowo przekraczającej 30 °C). W Polsce jeszcze w latach pięćdziesiątych kryjówkami takimi były jaskinie, schroniska i szczeliny skalne, ewentualnie również podziemia sztuczne, np. piwnice. Obecnie niemal wszystkie kryjówki letnie tego gatunku na terenie Polski znajdują się na strychach budynków o swobodnym wlocie (gatunek ten, w przeciwieństwie do innych krajowych nietoperzy nie potrafi przeciskać się przez szczeliny), zaś podziemia są wykorzystywane jedynie sporadycznie. Na sen zimowy przenosi się do miejsc, które oferują mu stabilny mikroklimat: dużą wilgotność i temperaturę powietrza 6–9 °C, wyższą niż preferowaną przez pozostałe, krajowe gatunki nietoperzy. Kryjówkami zimowymi podkowca małego są zwykle jaskinie, piwnice, opuszczone kopalnie, niekiedy również (np. w Krakowie czy Nysie) fortyfikacje. Występująca w tych miejscach duża wilgotność chroni nietoperze przed wyschnięciem, a stabilna temperatura sprzyja hibernacji. W przeciwieństwie do innych gatunków nietoperzy z reguły podczas hibernacji poszczególne osobniki nie tworzą skupień – nie stykają się ze sobą.