Latem 1996 Almaguer powrócił do Puebli, w której rozegrał jeden sezon, po którym podpisał kontrakt ze stołecznym Club Necaxa. Tam spędził cztery lata i wtedy także odniosił największe osiągnięcia podczas swojej przygody z piłką – w roli kluczowego piłkarza Necaxy wywalczył z nią wicemistrzostwo Meksyku w wiosennych rozgrywkach Verano 1998, natomiast już sześć miesięcy później, w jesiennym Invierno 1998, zdobył już tytuł mistrzowski. W 1999 roku triufmował w Pucharze Mistrzów CONCACAF, dzięki czemu mógł wziąć udział w Klubowych Mistrzostwach Świata 2000 – tam z kolei Necaxa zajęła trzecie miejsce, pokonując po rzutach karnych Real Madryt. W 2001 roku odszedł innego klubu z miasta Meksyk – Cruz Azul, z którym dotarł aż do finału Copa Libertadores, ostatecznie przegrywając w nim po rzutach karnych z Boca Juniors.
W marcu 2003 Almaguer wyjechał do Turcji, gdzie podpisał kontrakt z Galatasaray SK. W jego barwach rozegrał cztery spotkania w Süper Lig, pomagając drużynie ze Stambułu wywalczyć wicemistrzostwo kraju w rozgrywkach 2002/2003.