W tym czasie aktywnie brała udział w utworzeniu na opolskiej WSI kierunku zarządzanie i marketing oraz jednostki go prowadzącej – Instytutu Zarządzania. Bezpośrednio po jego utworzeniu w 1993 roku pełniła funkcję zastępcy dyrektora, a w 1999 roku krótko dyrektora. W tym samym roku Instytut Zarządzania został przekształcony w Wydział Zarządzania i Inżynierii Produkcji Politechniki Opolskiej, a Anna Zagórowska został jego prodziekanem do spraw studenckich. Po śmierci prof. Rudolfa Kośmidera w 2000 roku sprawowała funkcję dziekana tego wydziału (do 2005 roku). W czasie jej kadencji doszło do utworzenia nowych kierunków: zarządzanie i inżyniera produkcji, europeistyka oraz studiów podyplomowych z zakresu zarządzania zasobami ludzkimi. W międzyczasie w 2003 roku uzyskała stopień naukowy doktora habilitowanego nauk ekonomicznych w zakresie ekonomii na podstawie rozprawy nt. Rynek pracy a zmiany demograficzne dawnych województw makroregionu południowego. Dynamika, struktura, aspekty przestrzenne, prognoza. W tym samym roku Senat PO podjął decyzję o mianowaniu jej na stanowisko profesora nadzwyczajnego. Od 2005 roku pełni funkcję prodziekana do spraw studenckich Wydziału Ekonomii i Zarządzania PO [on-line] [dostęp: 12.04.2012].