Zaraz po tym sukcesie rozwiązał umowę z Universidadem, podobnie jak w Cruz Azul z powodu konfliktu z włodarzami klubu. W 2010 roku powrócił do ojczyzny, po raz trzeci w karierze zostając trenerem Danubio, gdzie pracował bez sukcesów przez dwa miesiące.
W lipcu 2010 Markarián objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Peru, która za kadencji jego poprzednika José del Solara zajęła dopiero ostatnie miejsce w eliminacjach do Mistrzostw Świata 2010, nie kwalifikując się na światowy czempionat. W 2011 poprowadził ją do zwycięstwa w towarzyskich rozgrywkach Kirin Cup, kiedy to Peruwiańczycy podobnie jak ich rywale zanotowali dwa bezbramkowe remisy. Kilka tygodni później wziął udział w turnieju Copa América – tam prowadzona przez niego kadra wyszła z grupy i odpadła dopiero w półfinale, po raz pierwszy od 28 lat zajmując trzecie miejsce, natomiast napastnik Peru José Paolo Guerrero został królem strzelców tej edycji południowoamerykańskiej imprezy. Ze stanowiska selekcjonera zrezygnował wraz z końcem eliminacji do Mistrzostw Świata 2014, podczas których prowadzona przez niego kadra zajęła siódmą lokatę, nie kwalifikując się na mundial.