W czasie kampanii wrześniowej 1939 walczył w obronie Lwowa, dowodząc wschodnim odcinkiem obrony miasta. Po kapitulacji Lwowa przed Armią Czerwoną dostał się do niewoli sowieckiej. Przebywał w obozie w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie.
Postanowieniem nr 112-48-07 Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego z 5 października 2007 został awansowany pośmiertnie do stopnia generała brygady.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
W ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia”, Edward Kańczucki został uhonorowany poprzez zasadzenie Dęba Pamięci przy Szkole Podstawowej w Starych Komaszycach.
Ordery i odznaczenia Krzyż Walecznych Złoty Krzyż Zasługi (18 stycznia 1926)M.P. z 1926 r. nr 23, poz.