Decyzją Ministra Edukacji Narodowej, z dniem 1 lipca 1991 roku został powołany na stanowisko profesora zwyczajnego w Politechnice Śląskiej.
W 1981 roku, w wyniku pierwszych wolnych wyborów władz akademickich, został dziekanem Wydziału Automatyki, którą to godność pełnił do 1984 roku. W latach 1985–1994 był zastępcą dyrektora do spraw nauki Instytutu Elektroniki PŚ.
Ponadto pracował od 1978 roku w Wyższej Szkole Inżynieryjnej w Opolu, gdzie wykładał elektronikę dla studentów Wydziału Elektrotechniki i Automatyki. Wniósł duży wkład wraz z doc. Marią Jastrzębską w organizację i rozwój najpierw Instytutu Elektrotechniki, a później Wydziału Elektrotechniki i Automatyki WSI w Opolu. W 1994 roku przeszedł na emeryturę.
Zmarł w Gliwicach, pochowany na cmentarzu Centralnym (sektor D6-3-15).
Dorobek naukowy Stanisław Malzacher był autorem wielu układów elektronicznych i rozwiązań stosowanych w przemyśle, szczególnie w dziedzinie badań nieniszczących. Pod jego kierunkiem powstała w Gliwicach swego rodzaju szkoła badań nieniszczących, wykorzystujących prądy wirowe i ultradźwięki. Profesor był autorem kilkudziesięciu publikacji, 9 książek i 11 skryptów, promotorem 15 prac doktorskich, opiniodawcą wielu prac habilitacyjnych.