21 października 2003 w Teheranie władze Iranu oraz ministrowie spraw zagranicznych Trójki podpisali dokument znany jako Deklaracja Teherańska, który gwarantował zgodę Iranu na pełną współpracę z IAEA, oraz podpisanie dodatkowego protokołu do traktatu NPT w sprawie niezapowiedzianych inspekcji oraz wstrzymanie wzbogacania uranu „na okres przejściowy”.
W lutym 2004 roku ujawnione zostało, że ojciec pakistańskiego programu atomowego Abdul Qadeer Khan od końca lat 80 XX w. zaopatrywał w sprzęt do produkcji broni atomowej Iran, Libię i Koreę Północną, co pogłębiło podejrzenia państw zachodnich co do intencji Iranu.
24 września 2005 roku zarząd IAEA przyjął rezolucję uznającą, że Iran nie stosuje się do zobowiązań wynikających z traktatu NPT i że zaniechania te są podstawą do skierowania sprawy do Rady Bezpieczeństwa ONZ.
10 stycznia 2006 roku Iran nakazał inspektorom IAEA usunięcie plomb w zakładzie wzbogacania uranu w Natanz i ogłosił wznowienie badań nad paliwem jądrowym, faktycznie kładąc kres 2-letniemu okresowi zamrożenia działań związanych ze wzbogacaniem uranu.