Praca naukowa i dydaktyczna Makowski był od 1917 profesorem Uniwersytetu Warszawskiego, wykładał prawo karne na Wydziale Prawa. Po upadku rządu Sikorskiego skupił się na pracy naukowej, a z dniem 1 listopada 1923 został profesorem zwyczajnym.
W latach 1935–1937 był dziekanem Wydziału Prawa Uniwersytetu Warszawskiego. 5 września 1936 prezydent Ignacy Mościcki powołał go do składu Kapituły Orderu Odrodzenia Polski. A z dniem 14 listopada 1937 otrzymał nominację na profesora zwyczajnego prawa państwowego.
W latach 1931–1936 założył i redagował czasopismo Nowe PaństwoAdam Redzik; Nowe Państwo – udana inicjatywa prof. Wacława Makowskiego powołania pisma polityczno-prawnego, Palestra..
Był autorem wielu prac naukowych z zakresu prawa karnego i państwowego, współautorem kodeksu karnego z 1932 (zwanego Kodeksem Makarewicza) oraz konstytucji kwietniowej z 1935.
Koniec życia thumb|Symboliczny grób Wacława Makowskiego − grób rodzinny na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (2023)
Po agresji III Rzeszy i ZSRR na Polskę w 1939 został internowany w Rumunii, po ewakuacji tam polskich władz, gdzie ciężko chory zmarł w Bukareszcie i tam został pochowany.