Po uzyskaniu przez Timor Wschodni niepodległości, 20 maja 2002 objął stanowisko szefa sztabu Sił Obrony Timoru Wschodniego (FDTL). W grudniu 2006 został odznaczony przez prezydenta Xananę Gusmão orderem Orde da Guerrilha. W 2006 został oskarżony przez urzędników ONZ o udział w nielegalnym transferze broni w czasie zamieszek, jakie wybuchły wówczas na Timorze Wschodnim. Nie zostały mu postawione jednakże jakiekolwiek zarzuty. 28 listopada 2009 prezydent José Ramos-Horta awansował go do stopnia generała dywizji. 1 września 2011 Taur Matan Ruak ogłosił rezygnację z zajmowanych stanowisk w wojsku, co było związane z zamiarem ubiegania się o urząd prezydenta w wyborach. 6 października 2012 został formalnie przeniesiony do cywila, po przyjęciu jego rezygnacji przez prezydenta.
W pierwszej turze wyborów prezydenckich 17 marca 2012 zajął drugie miejsce (25,71% głosów), przegrywając z Francisco Guterresem (28,76%), lecz pokonując urzędującego prezydenta José Ramos-Hortę (17,48%). W drugiej turze wyborów 16 kwietnia 2012 pokonał Guterresa, zdobywając 61,2% głosów poparcia. Urząd prezydenta objął 20 maja 2012 i zajmował do 20 maja 2017. Nie ubiegał się o reelekcję w wyborach prezydenckich w 2017.