Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Argentyny Zapata zadebiutował 13 marca 1991 w zremisowanym 0-0 towarzyskim meczu z Meksykiem. W 1991 uczestniczył w Copa América. Argentyna wygrała turniej a Zapata wystąpił w dwóch meczach grupowych z Paragwajem i Peru. W 1993 po raz drugi uczestniczył w Copa América. Argentyna obroniła tytuł a Zapata wystąpił we wszystkich sześciu meczach turnieju. W 1997 po raz trzeci wystąpił w Copa América. Ostatni raz w reprezentacji Zapata wystąpił 10 marca 1998 w wygranym 2-0 towarzyskim meczu z Bułgarią. Ogółem w barwach albicelestes wystąpił w 27 meczach.
Mecze i gole w reprezentacji#DataMiastoPrzeciwnikGolWynikRozgrywki1.13.03.1991Buenos Aires0:0towarzyski2.19.05.1991Palo Alto1:0towarzyski3.12.07.1991Concepción4:1Copa América4.14.07.1991Santiago3:2Copa AméricaN1.25.09.1991Buenos AiresReszta Świata2:1towarzyski5.18.02.1993Buenos Aires1:1towarzyski6.17.06.1993Guayaquil1:0Copa América7.20.06.1993Guayaquil1:1Copa América8.23.06.1993Guayaquil1:1Copa América9.27.06.1993Guayaquil1:1Copa América10.01.07.1993Guayaquil0:0Copa América11.04.07.1993Guayaquil2:1Copa América12.01.08.1993Lima1:0el. MŚ13.15.08.1993Barranquilla1:2el. MŚ14.22.08.1993Buenos Aires2:0el. MŚ15.29.08.1993Buenos Aires0:0el. MŚ16.05.09.1993Buenos Aires0:5el. MŚ17.31.10.1993Sydney1:1el. MŚ18.17.11.1993Buenos Aires1:0el.