W 1992 r. szpital przemianowano na Wojewódzki Szpital Gruźlicy i Chorób Płuc. W 1999 r. powstało pierwsze w kraju Centrum Przewlekłej Obturacyjnej Choroby Płuc i Niewydolności Oddychania. W 2000 r. do budynku szpitala przeniesiono Wojewódzką Przychodnię Gruźlicy i Chorób Płuc, w przejętym Sanatorium dla Płucnochorych w Smukale utworzono Oddział Leczenia Gruźlicy, a w 2004 r. także Oddział Rehabilitacji. W 2003 r. zmieniono nazwę szpitala na Kujawsko-Pomorskie Centrum Pulmonologii.
W 2021 rozpoczęto podwyższanie o jedną kondygnację jednego z budynków kompleksu przy ul. Seminaryjnej, co umożliwi przeniesienie tam w przyszłości oddziału dla chorych na gruźlicę.
Nazwy 1885-1920 – Zakład Diakonisek Fundacji im. L. Giese-Rafalskiej 1920-1939 – Szpital im. Ludwiki Giese-Rafalskiej 1939–1940 – Szpital Miejski II – Szpital Diakonisek 1945–1949 – Szpital Zakaźny (z Oddziałem Gruźlicy) 1949-1953 – Miejski Szpital Płucno-Chorych w Bydgoszczy 1953-1992 – Wojewódzki Szpital Gruźliczy im.