Lydia Koidula zmarła w Kronsztadzie na raka sutka. Jej ostatni wiersz nosił tytuł Enne surma - Eestimaale! (Przed śmiercią, Do Estonii!). Szczątki poetki spoczywają dziś na cmentarzu zasłużonych Metsakalmistu w Tallinnie.
Twórczość Estońskie tradycje narodowe, żywe w rodzinie i wśród znajomych poetki, znalazły odbicie w jej dziełach. Twórczość Lydii Koiduli obejmowała liczne wiersze, opiewające piękno estońskiej przyrody, lirykę patriotyczną, krótkie formy epickie i sztuki teatralne. Jej pierwsze opowiadanie pt. Oja mölder ja tema minia (Młynarz i jego synowa) ukazało się jako osobne wydanie w 1863 roku. Po kilku innych utworach, publikowanych pod nazwiskiem ojca, wydała dwa tomiki poezji: Vainulilled (Kwiaty polne, 1866) i Emajõe ööbik (Słowik znad rzeki Emmajõgi, 1867). Zwłaszcza drugi z nich, w całości poświęcony Estonii, stał się wkrótce jednym z głównych dzieł okresu estońskiego odrodzenia narodowego, a zamieszczone w nim wiersze (do wielu skomponowano później muzykę) do dziś są szeroko znane przez społeczeństwo Estonii.