Konsekwencją było nasilenie tendencji panarabizmu i wybuch walk w Libanie i Syrii. Brytyjczycy wycofali się z tego obszaru, robiąc miejsce do wkroczenia wojsk francuskich, które miały zająć Mandat Syrii i Libanu. Muhammad al-Aszmar udał się wówczas do północno-wschodniej Syrii, organizując oddziały partyzanckie do walki przeciwko Francuzom. Uczestniczył we wszystkich najważniejszych walkach w Syrii.
Po upadku powstania uniknął aresztowania i schronił się w Emiracie Transjordanii. Zamieszkał w miejscowości Na’ur, na południowy zachód od Ammanu. Emir Abd Alah I pozwolił mu na zgromadzenie przy sobie 600 syryjskich bojowników, których przygotowywał do powrotu do Syrii. W okresie tym odwiedził Jerozolimę i poznał Al-Hadżdża Muhammada Amina Amin al-Husajniego. W 1931 powrócił do Syrii i zaangażował się w działalność antyfrancuską. Został aresztowany i osadzony w więzieniu.
Udział w walkach w Palestynie Po wyjściu z więzienia, szejk al-Aszmar zaangażował się w arabskie powstanie w Palestynie. Wraz z innymi ochotnikami przedostał się do brytyjskiego Mandatu Palestyny i objął dowództwo nad oddziałem działającym w trójkącie Nablus, Tulkarm, Dżanin.