W 1925 administratura weszła w skład Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego pod nazwą diecezji grodzieńsko-nowogródzkiej.
W ZSRR Po agresji radzieckiej na Polskę we wrześniu 1939 i zajęciu Grodna przez Armię Czerwoną diecezja grodzieńska została na krótko zlikwidowana; jej obszar wszedł w skład eparchii pińskiej i nowogródzkiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W 1940 locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolita moskiewski i kołomieński Sergiusz ogłosił jej ponowne powstanie. W jej ramach działało 307 parafii.
Po zajęciu ziem białoruskich przez hitlerowskie Niemcy, w 1942 niekanonicznie proklamowana została autokefalia Białoruskiego Kościoła Prawosławnego, w którego skład miała wchodzić także eparchia grodzieńska. W 1944 jej obszar ponownie zajęła Armia Czerwona; w kolejnych latach wiernych i duchowieństwo poddano represjom. W 1946 w eparchii działały jedynie 73 placówki duszpasterskie. W 1951 wskutek nacisków władz eparchia grodzieńska została zlikwidowana, a jej terytorium włączone do eparchii mińskiej i białoruskiej.
Na Białorusi Eparchia wznowiła swoją działalność na mocy decyzji Świętego Synodu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego z 18 lutego 1992, pod nazwą eparchia grodzieńska i wołkowyska. W 1994 czynne były 84 parafie.