497–498..
W 1228 zakon krzyżacki, zająwszy te obszary, wybrał Chełmno na stolicę ziemi chełmińskiej. W latach 1230–1250 było ono głównym miastem zakonu i siedzibą I Komturii, a 1236–1251 siedzibą diecezji chełmińskiej. 28 grudnia 1233 łącznie z Toruniem otrzymało prawa miejskie (odnowione po pożarze z 1 października 1251 roku), które stały się wzorem dla lokacji 225 miast oraz 1364 wsi i osad w Prusach, na Pomorzu Wschodnim i Mazowszu (m.in. Warszawy i Gdańska). W tym czasie miasto nosiło nadaną przez Krzyżaków nazwę Culm ().
Po 1244 roku miasto zostało przeniesione ze Starogrodu na obecne miejsce, z lokacją na surowym korzeniu. Odtąd rozpoczął się rozwój miasta, które wstąpiło do Hanzy, jednak nie zyskując tak dużego znaczenia jak Toruń. W 1440 r. miasto było współzałożycielem antykrzyżackiego Związku Pruskiego. Od 1466 na mocy II pokoju toruńskiego miasto Chełmno przeszło ponownie w granice Korony Królestwa Polskiego, jako część Prus Królewskich, zwanych też Prusami Polskimi. Od 1473 i ponownie, reaktywowana, po upadku, w 1692, działała Akademia Chełmińska współpracująca z Akademią Krakowską od roku 1756 do 1779. W latach 1486–1756 szkoła była filią Uniwersytetu Bolońskiego który ukończył m.in.