Po wojnie paragwajskiej flota zyskała duży prestiż, lecz budowano niewiele nowych okrętów. Do czasu obalenia cesarstwa i proklamowania republiki w 1889 roku wzbogaciła się o dwa pełnomorskie pancerniki wieżowe („Riachuelo” i „Aquidaban”), trzy pancerniki przybrzeżne i nieliczne mniejsze okręty, w tym torpedowce. Na początku lat 90. zbudowano pierwsze nieliczne krążowniki pancernopokładowe. Reputację floty podważył jej zbrojny bunt antyrządowy w latach 1893–94, zakończony stłumieniem. Po nim w połowie lat 90. zamówiono z większych okrętów tylko dwa niewielkie pancerniki obrony wybrzeża typu Deodoro i jeden krążownik.
Lata 1900–1945 Dopiero w 1904 roku, w związku ze wzbogaceniem kraju, Brazylia uchwaliła nowy program rozbudowy floty. W jego wykonaniu przede wszystkim zbudowano w 1910 roku w Wielkiej Brytanii dwa pancerniki najnowszej generacji drednotów typu Minas Gerais, na krótko będąc najpotężniejszymi okrętami tej klasy na świecie. Zbudowano też w Europie dwa szybkie krążowniki zwiadowcze typu Bahia, dziesięć niszczycieli (typu Para) i trzy okręty podwodne.