W 1876 został wykładowcą na Veterinary College w Utrechcie, ale już w następnym roku opuścił miasto i przyjął równoważną posadę na Uniwersytecie Amsterdamskim. W 1878 został mianowany profesorem chemii, mineralogii i geologii na tej uczelni. Po 18 latach pracy w Amsterdamie przyjął zaproszenie do Berlina i propozycję zostania honorowym profesorem oraz członkiem Pruskiej Akademii Nauk. Głównym powodem przyjęcia propozycji był nadmiar pracy (głównie duża liczba egzaminowanych studentów), który uniemożliwiał poświęcenie większej ilości czasu pracy naukowej. Był gorącym zwolennikiem stworzenia specjalnej kategorii pracowników naukowych. Na tym stanowisku pracował do końca życia. Był członkiem Królewskiej Holenderskiej Akademii Sztuk i Nauk.
Badania Jego doktorat był zatytułowany Bijdrage tot de Kennis van Cyaanazijnzuren en Malonzuur (Wkład do wiedzy o kwasie cyjanooctowym i malonowym), jednak jego najważniejsza publikacja ukazała się kilka miesięcy wcześniej: Voorstel tot Uitbreiding der Tegenwoordige in de Scheikunde gebruikte Structuurformules in de Ruimte... (Propozycja rozwinięcia trójwymiarowych wzorów chemicznych). Ta publikacja, licząca 12 stron tekstu i jedną z wykresami, zapoczątkowała rozwój stereochemii.