Na takiej zasadzie w skład parafii podległej pod sobór włączono m.in. wiernych z zamkniętej cerkwi Podwyższenia Krzyża Pańskiego.
Ostatecznie 17 marca 1930 sobór św. Aleksandra Newskiego w Jekaterynburgu został zamknięty. Tego samego roku zlikwidowano, a następnie wyburzono znajdujący się wokół niego cmentarz pochodzący z XVIII wieku. W czasach sowieckich budynek często zmieniał swoje przeznaczenie. W 1942 budowla została przekształcona by wspomóc sowiecki wysiłek wojenny. Początkowo mieściły się tam magazyny wojskowe. Wnętrza całkowicie przebudowano, pozbawiono większości elementów sakralnych i aby lepiej sprostać nowym funkcjom podzielono na kilka pięter. Od 1961 mieściły się tutaj pomieszczenia należące do Swierdłowskiego Obwodowego Muzeum Krajoznawczego oraz małe planetarium. W 1974 budynek znalazł się na liście zabytków. Pod kopułą dawnego soboru umieszczono eksponaty muzealne, w tym zrekonstruowany szkielet znalezionego na Uralu mamuta. Tutaj także, jako swoistą atrakcję turystyczną, przechowywano relikwie św. Symeona Wierchoturskiego, zrabowane w 1925 z soboru św. Katarzyny Aleksandryjskiej przez sowieckie władze miasta.