W 2004 na kopule umieszczono nowy krzyż wzorowany na krzyżu znajdującym się na kopule soboru Zaśnięcia Matki Bożej we Włodzimierzu nad Klaźmą. W lutym 2006 rozpoczęto renowację wnętrz świątyni. W pracach tych brali udział artyści związani z ławrą Troicko-Siergijewską. Przed 1930 wnętrza jekaterynburskiego soboru św. Aleksandra Newskiego słynęły z pięknych malowideł. Te jednak, wskutek działalności władz sowieckich, nie zachowały się i zostały całkowicie zniszczone. W pracach rekonstrukcyjnych artyści wzorowali się na sztuce bizantyjskiej z XIII i XIV wieku. Prawie sześćdziesiąt osób było odpowiedzialnych za stworzenie dekoracji świątyni, a kolejna setka im asystowała. Ściany soboru wyłożone zostały marmurem i onyksem, a posadzki wykonano z granatu. Materiały te zostały specjalnie na ten cel sprowadzone z Włoch. Przy wznoszeniu ikonostasu wykorzystano natomiast biały i różowy marmur. Latem 2008, w świątyni, pochowane zostały szczątki duchowieństwa wydobyte na terenie placu 1905 Roku, w miejscu gdzie znajdował się niegdyś sobór Objawienia Pańskiego.