Twórczość Mając dostęp do archiwów opracował kilka prac o historii Torunia w języku niemieckim. W 1706 roku wydał Lusus anagramatico poeticus, zbiór żartobliwych anagramów, ułożonych z liter tworzących nazwiska przedstawicieli elit toruńskich. W 1710 roku wydał Das verpestete Thorn..., poświęcony epidemiom w Toruniu. Rok później w drukarni Jana Ludwika Nicolaiego ukazała się Historiae Thoruniensis Naufragae Tabulae... (pol. Tablice rozbitków historii toruńskiej...), poświęcona rozmaitym wydarzeniom z historii Torunia. Praca ta została ponownie wydana w 1727 roku w Berlinie, pod tytułem Thornische Chronica (pol. Kronika toruńska). W nowym wydaniu Zerneke przedstawił wydarzenia z lat 1712–1726. Praca, zawierająca relacje z tumultu toruńskiego, cieszyła się popularnością w Europie i na przestrzeni lat stała się najczęściej spotykanym na świecie starodrukiem związanym z Toruniem. Przypuszczalnie drugie wydanie ukazało się w Berlinie z obawy o ocenzurowanie fragmentów pracy. W Thornische Chronica orzekł, że Mikołaj Kopernik mieszkał w kamienicy położonej na rogu ul. Ducha Św. i św. Anny (ob. ul. Mikołaja Kopernika). W 1712 roku ukazały się również Das bei denen schwedischen Kriegen bekriegte Thorn (pol. Toruń przez szwedzkie wojny zwojowany) i Summarischer Entwurf des geehrten und gelehrten Thorns (pol.