Po śmierci Franciszka z Asyżu, Eliasz Bonbarone zwołał na 27 maja 1227 roku kapitułę generalną. Nowo wybrany generał Jan Parenti mianował Antoniego prowincjałem Romandioli, która obejmowała całą północną Italię. Na przełomie 1227 i 1228 roku przybył do Padwy. Wizytował wszystkie podległe mu klasztory i skupił się na działalności duszpasterskiej i nauczycielskiej. Na prośbę wielu współbraci napisał kazania na wszystkie niedziele roku zebrane w dziele Sermones Dominicales. Prawdopodobnie wiosną 1228 roku udał się do Rzymu, gdzie udzielał odpustu z okazji Wielkiego Tygodnia. W lipcu uczestniczył w mszy kanonizacyjnej św. Franciszka w Asyżu.
25 maja 1230 roku w Asyżu odbyła się kapituła generalna, na której powstały rozbieżności w kwestii interpretacji ubóstwa oraz Testamentu św. Franciszka. Kapituła powołała komisję, mającą skierować te pytania do papieża, w skład której weszli: Haymon z Faversham, Gerard Rossignol, Leone da Perego, Gerard z Modeny, Piotr z Brescii i Antoni z Lizbony. Po zakończeniu prac komisji przyszły święty zrezygnował z funkcji prowincjała, z przyczyn zdrowotnych i powrócił do Padwy, oddając się modlitwie i kaznodziejstwu. Nawróceni przez niego grzesznicy i heretycy pod koniec 1227 roku utworzyli bractwo franciszkańskie Colombini, na wzór trzeciego zakonu.