Życie prywatne thumb|Pomnik Jana Włodka przed budynkiem Zespołu Średnich Szkół Rolniczych w Dąbrowicy-Chrostowej Jan Włodek od 1912 r. był żonaty z Zofią Goetz-Okocimską (18 lipca 1890 – 28 marca 1981), córką Jana Albina Goetza, późniejszą doktor filozofii UJ, działaczkę społeczną w organizacjach katolickich (była m.in. od 1935 prezeską Katolickiego Stowarzyszenia Kobiet w archidiecezji krakowskiej, i w latach 1927–1939 prezesem Sodalicji Mariańskiej Pań Wiejskich), w 1935 odznaczoną papieskim orderem Pro Ecclesia et Pontifice, żołnierza Armii Krajowej, członkinię organizacji ziemiańskiej „Uprawa” („Tarcza”), która po II wojnie światowej zajmowała się tłumaczeniem łacińskich, angielskich i francuskich tekstów dzieł filozoficznych i teologicznych na język polski i z polskiego na języki obce. Miał dwójkę dzieci, Jana Mariana i Zofię.
Był właścicielem majątków Dąbrowica (938 ha), Cichawa (269 ha), Marszowice (183 ha) i Nieznanowice, a także majątku leśnego Ostrowy Tuszowskie (Buda Tuszowska) w pow.