Dalsze losy 4 listopada 2013 został dowieziony do sądu w Kairze na proces, w którym postawiono mu zarzuty podżegania do przemocy i do zabójstwa 10 osób, które zginęły w czasie protestów przeciwko dekretom z listopada 2012 roku. Razem z nim przed sądem stanęło 14 działaczy ugrupowań islamskichEgypt on high alert as Mohammed Morsi arrives for trial.. Ostatecznie pierwsze posiedzenie sądu w sprawie Mursiego miało odbyć się dopiero 8 stycznia 2014. 18 grudnia egipska prokuratura poinformowała, że były prezydent będzie odpowiadał za spiskowanie z zagranicznymi organizacjami (Hezbollahem i Hamasem) w celu przeprowadzenia aktów terroru, przekazanie tymże organizacjom tajemnic państwowych swojego kraju oraz przeprowadzania szkolenia wojskowego ich członków, co zagrażało bezpieczeństwu Egiptu. Mursiemu groziła w wymienionym postępowaniu kara śmierci. Organizacje broniące praw człowieka wyraziły wątpliwości, czy proces byłego prezydenta będzie uczciwyMohammed Morsi faces Egypt terrorism charges..